自理报关是指进出口货物收发人在取得海关注册登记资格后，自行办理报关业务的行为。

自理报关企业在办理报关业务时，主要经历三个阶段：

1. 自理报关单位录入业务：自理报关单位持有“报关单录入”权限的操作员使用操作员卡登录中国电子口岸的“报关单录入”界面，可在下载相关文件后，在本地数据库中离线录入报关单数据。完成录入并提交后，报关单数据上传至数据中心，进入下一步审核申报环节。

2. 自理报关审核申报业务：自理报关单位持有“报关单审核申报”权限的操作员在“报关单审核申报”界面对报关单的数据逻辑性和填报规范性进行审核。如审核未通过，则需下载报关单至本地进行修改，修改后再上传至数据中心并重新审核。审核通过后，进入申报确认阶段。

3. 自理报关申报确认业务：自理报关单位持有“报关单申报确认”权限的企业管理人员在“报关单申报确认”界面进行确认申报操作。确认后，报关单通过公共数据中心传输至海关内部网络。如发现报关单填写有问题，需下载数据至本地修改，修改完成后再次上传至数据中心并重新审核及确认申报。最终，自理报关单位打印出已由海关审核通过的报关单，并携带动植物检疫许可证及其他所需单证前往海关办理其余通关手续。

自理报关的服务对象主要是企业自身，报关业务相对固定，报关员仅负责本企业的报关工作。相比之下，报关行的报关员面向更广泛的客户群体，提供多样化的报关服务。

自理报关的业务范围受限于企业自身的经营范围，报关员通常只需要掌握与本企业相关的报关知识即可。而报关行的报关员则需要熟悉各种类型的报关业务，以应对不同客户的多样化需求。

自理报关的报关员工资通常为固定薪资，不受业务量波动的影响。而报关行的报关员收入则更多地取决于其报关业务的数量，采用提成的方式计算工资。