复旦大学化学系始建于1926年，1952年全国高校院系调整，原浙江大学、交通大学、同济大学、沪江大学、大同大学、震旦大学与复旦大学七校的化学系合并，成为今日的复旦大学化学系。历经八十余年，化学系已成为我国培养一流化学人才的重要基地之一，所培养的学生在各行各业发挥着重要作用，有一大批已成为学术造诣深厚、蜚声于海内外的著名专家，其中在化学系工作或学习、进修过的中科院、工程院院士有二十余位，近年来通过“211”和“985”工程的建设，进一步为构建研究型大学化学学科体系打下了坚实的基础。

复旦大学化学学科为一级学科国家重点学科，物理化学、无机化学、分析化学为二级学科国家重点学科。化学系设有无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、化学生物学五个二级研究所，以及化学教学实验中心和应用化学研究所、激光化学研究所。建有上海市分子催化和功能材料重点实验室、创新科学仪器教育部工程研究中心、上海市蛋白质化学生物学重点实验室、2011能源材料化学协同创新中心（复旦分中心），化学教学实验中心为国家级化学实验教学示范中心。化学系是我国最早的化学一级学科博士学位授权点及博士后流动站之一，五个二级学科均招收博士和硕士研究生。本科教育设有化学专业和应用化学专业，1993年被确定为“国家理科基础学科研究和教学人才培养基地”。现有本科生近400人、硕士研究生近200人、博士研究生200余人、工程硕士生20余人、博士后人员近20人；拥有各类教学和科研实验室约1.8万平方米，仪器设备总价值逾亿元。

复旦大学物理化学学科历史悠久，是我国改革开放后首批物理化学学科的硕士学位和博士学位授予点和博士后流动站，1988年、2001和2007年连续三次被评为全国重点学科，除985二期学校投入政策改变外，一直是国家“211工程”和“985工程”重点建设项目，2002年以本学科为主组建了上海市分子催化和功能材料重点实验室。物理化学学科一直保持着有重点均衡发展的形势，目前形成了一支多名教授、副教授、讲师和实验技术人员组成的年龄结构合理的科研队伍。在多相催化、纳米多孔材料物理化学、分子反应动态学、电化学和理论化学等五个方向上成为国际有影响的研究基地。贺鹤勇（杰出青年基金获得者、长江特聘教授、催化）、周鸣飞（杰出青年基金获得者、长江特聘教授、分子反应动力学）、唐颐（杰出青年基金获得者、多孔材料化学）、夏永姚（杰出青年基金获得者、电化学和储能材料）、刘智攀（杰出青年基金获得者、长江特聘教授、理论化学）和范康年（2006年国家级教学名师、理论化学）分别在五个研究方向上组成了国内外有一定影响的学术带头人队伍。

1953年院系调整，无机化学学科在著名化学家顾翼东和严志弦先生领导下，是当时国内高校中最强的无机化学学科之一，是国家首批硕士和博士学位授予单位。近年来无机化学学科根据国内外无机化学学科的发展动态，依据自身积累和优势，与本系物理化学的骨干力量组合，于2002年经上海市科委批准建立了“上海市分子催化和功能材料重点实验室”，2007年无机化学学科被评为二级国家重点学科。通过国家“优秀创新群体”建设和复旦大学“211工程”和“985工程”重点学科和上海市重点学科建设等的支持和引导，目前已形成了由13名教授、11名副教授和4名讲师组成的学科队伍，是化学系近年来发展最为迅速的学科。形成了“多孔材料合成与制备”（负责人：赵东元教授，中科院院士）、“金属有机化学及其应用”（负责人：金国新教授，杰出青年基金获得者、长江特聘教授）、“金属酶和金属蛋白”（负责人：谭相石教授）和“无机化合物纳米发光材料及其应用”（负责人：李富友教授，杰出青年基金获得者、长江特聘教授）四个特色鲜明、在国际领先或有重要影响力的研究方向。

有机化学学科于1978年开始招收研究生，是国家首批硕士学位授予点，1990年获得博士学位授予权。近年来，本学科在有机合成、生物有机、物理有机、金属有机和药物合成等领域开展工作，形成了由双聘院士和兼职院士各1名、教授4名、副教授7名、讲师6名组成的，平均年龄37岁的年轻队伍。其中，药物化学方向（负责人：陈芬儿教授）的研究在国内外有较大的影响，2004和2007年12月分别与全球维生素领先企业荷兰皇家帝斯曼集团和中国制药龙头企业华北制药集团建立联合实验室。“d-生物素的不对称全合成生产新技术”项目获国家技术发明二等奖，“双氯芬酸类解热镇痛药生产新工艺关键技术研究与应用”项目获国家科学技术进步奖二等奖。

分析化学学科成立于1953年，50年代至70年代先后在电化学极谱分析、光谱分析、色谱分析、环境分析等领域开展了大量研究。1978年成为国家首批硕士学位授予点，1986年成为博士学位授予点。2001年本学科列入“985工程”一期交叉学科建设项目，2004年以本学科人员为骨干成立的“生物医学研究创新平台”获教育部批准，列入“985工程”二期建设项目，同年入选上海市首批3个科研创新团队之一，2007年分析化学学科被评为二级国家重点学科。同年教育部批准在复旦大学建设“创新科学仪器教育部工程研究中心”。近年来瞄准国际前沿，在国内率先形成基于传统学科体系的新兴学科发展方向，包括“生物质谱与疾病蛋白质组学分析”（负责人杨芃原教授，973首席科学家）、“微纳流控体系与生命分析化学（负责人：刘宝红教授，国家杰出青年基金获得者）”、“复杂体系和多维色谱分析”（负责人：张祥明教授）与“创新分析仪器研制”（负责人：孔继烈教授，国家杰出青年基金获得者）。形成了由1名双聘院士、6位教授、3位副教授和8名讲师组成的年龄结构合理的高水平科研队伍。

化学生物学学科是根据学科发展前沿和我系学科特色，于2003年，以分析化学为主体，并结合有机化学的药物化学、物理化学的结构生物学以及生物无机化学部分相关研究方向建立的新的学科方向，并于同年被批准为博士和硕士学位授予点。整个学科目前属于筹建阶段。筹建阶段的主要任务是从各化学二级学科募集相关化学生物学领域的教授，逐步开展和化学生物学有关的研究工作，教授的编制在近几年内仍属于原二级学科。参加化学生物学学科建设的教授涵盖分析化学（生命分析化学：杨芃原、陆豪杰等）、物理化学（结构化学：王文宁、张明杰等）、有机化学（药物化学：陈芬儿、林国强等）、无机化学（金属蛋白化学：谭相石等）以及高分子材料（高分子科学系，生物医用材料丁建东等）等。

化学系现有教职工近170人，其中专任教师近120名，包括教授61人和副教授53人，博士生导师57名。教师队伍治学严谨、勇于开拓，教学与研究实力雄厚，教师中含有中国科学院院士3人，中国工程院院士1人，教育部长江学者特聘教授8人，国家自然科学基金委员会杰出青年基金获得者17人，国家自然科学基金委员会优秀青年基金获得者4人，中组部1人，国家973首席科学家2名，上海高校特聘教授(东方学者)3名、复旦大学特聘教授13名，以及教育部跨世纪（新世纪）优秀人才11名。

化学系始终把培养高素质人才作为根本目标。近年来，在“宽口径、厚基础、重能力、求创新”的原则上，对教学体系进行改革，开设的近70门本科课程中，《物理化学》、《有机化学》、《普通化学》等专业课程为国家级和上海市精品课程，还有《化学与人类》等具广泛影响的优秀公共类课程，获得过多项国家和上海市教学成果；物理化学系列课程教学团队为首批全国教学优秀团队；编著的《物理化学》、《化学与人类》、《谱学导论》、《分析化学原理》等一系列新教材获得国家级和上海市优秀教材奖。在注重基础理论和实验技能训练的同时，十分重视学生素质教育、培养学生创新思维和研究能力。近年来有多篇博士论文被评为全国百篇优秀博士论文，学生的课余科技创新行动曾获准创新项目200多项，多次获得全国大学生化学实验竞赛、上海市大学生化学实验竞赛金奖，““挑战杯”中国大学生创业计划竞赛”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖和一等奖、“挑战杯”中国大学生创业计划大赛金奖、复旦大学先进集体标兵等奖项，培养了一大批具有较高思想素质和创新能力、扎实基础知识和优良实验作风的优秀毕业生，赢得了社会高度评价。

化学系十分重视科研创新，坚持理论与实践结合、基础与应用兼顾的传统。近年来，以能源材料化学和生命健康化学为研究重点，积极开展面向国民经济和社会发展的高新技术和应用开发研究。2000~2008年间承担了国家和有关部门科研项目800余项，获经费累计3.31亿元，发表科研论文2690余篇。2008年实到科研经费超过5000万元，在研的225个项目中，有国家973项目及子项目22个，863子项目12个，国家自然科学基金重点项目1个，上海市重点项目7个；在Nature material、JACS等国际知名杂志上发表SCI论文325篇，其中IF\u003e3者占30% 以上；获授权专利49项。近年来获得国家自然科学二等奖、国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖各1项，上海市和各部委自然科学一等奖1项、科技进步一等奖8项和二等奖7项、技术发明一等奖和二等奖各1项，何梁何利基金奖“科学与技术进步奖“ 2项，以及上海市自然科学牡丹奖2项、上海市科技精英和青年科技英才奖4项、中国化学会青年化学奖3项等，还获得国家基金委和上海市优秀创新群体各1项。根据基本科学指标数据库数据库2014年11月的数据显示，复旦大学化学学科论文总引用数全球排名第40；论文篇均引用率在国内高校排名第一。

随着科研和教学水平的提升，化学系不断加快国际化进程，目前已与乔治城大学、里昂大学、纽伦堡技术学院、康涅狄格大学、加州大学圣塔芭芭拉分校等国外大学建立了长期合作的模式；多名教授或担任国内外重要杂志的副主编、编委等职务，或在国际学术团体和国际会议中担任重要职务；化学系先后主办了一系列大型和双边国际会议；每年来访讲学、授课的国外教授和研究人员达60人次以上；近五成的化学系学生在本科阶段就有国际交流的机会，研究生出国进行短期学术研究、参加学术会议等交流活动也成为常态。