穆拉德三世的权力受到了奥斯曼帝国文化的影响，特别是皇太后努尔巴努苏丹和他最爱的妻子莎菲耶苏丹的干政。在塞利姆二世以来所剩余的权力则由全能的大维齐尔索库鲁·穆罕默德帕夏的才干所维持。虽然索库鲁在1579年10月被暗杀，但之前他仍继续工作以维持穆拉德的权力。
穆拉德的统治因为其与
伊朗和
奥地利的战争、经济的衰落和制度的废弛而“留名”史册。虽然治国无方，但奥斯曼帝国仍然维持着扩张的趋势，对外取得了多次军事胜利。
穆拉德三世在1578年入侵
格鲁吉亚和希尔凡，他的维齐尔拉拉·穆斯塔法帕夏占领了第比利斯，并在彻尔德尔之战中打败了波斯人。
1582年，卡菲尔帕夏率领的奥斯曼帝国军队在火炬之战中击败了
萨非王朝的军队。
1585年，奥斯曼帕夏和费尔哈德帕夏率领的帝国军攻陷了大不里士，这个城市在接下来的20年里一直受
奥斯曼帝国管治。战争持续到1590年，新继位的
阿拔斯一世不得不求和。