金朝，天德二年（1150年），原以巨野县为治所的济州府迁往境内的任城区（今济宁市任城区）。

元代，至元八年（1271年），境内的济州市升济宁府，领3州7县(州又领9县)。至元十六年（1279年）济宁路治所迁至任城，设置济宁路总管府，下辖济州、兖州区、单州和16个县。

明代，洪武元年(1368年) ，改济宁路为府，仍治任城，领3州12县。

古济州，治于巨野。金代天德二年（1150年）巨野水灾，遂移济州于任城（今山东省济宁市任城区）。

元代，途经济宁市的京杭大运河全线贯通，为济宁的崛起带来生机，济宁由此而逐步走上繁荣昌盛之路。济宁路下辖3州16县，是蒙古帝室最为煊赫的后族弘吉剌氏的封地。成吉思汗在世时，曾与弘吉剌首领弘吉剌·按陈约定，“弘吉刺氏生女世以为后，生男世尚公主”。弘吉剌万户由子纳陈的后裔继承，因五户丝食邑在济宁路，属古鲁国地，故先后被封为济宁郡王、济宁王和鲁王，所娶公主都封鲁国公主。

济宁路在元代是景教重镇，这里长期存在着景教寺院和教徒群体。作为蒙古贵族弘吉剌氏的家臣，按檀不花家族至少三代先后在济宁路各地为官，留了不少碑刻材料。这些碑刻提供了元代景教的许多新知识，可以弥补景教研究在汉文史料上的不足。按檀不花家族在济宁路当政期间，曾经兴修景教寺宇，复建阙里孔廷，甚至参与道教庙宇的建设，展现了元代景教徒与中国本土文化与宗教的交融与互动。

任城区老城区至今还有一条叫“总府后街”的小街，是济宁路总管府的官衙所在地。