学生时代是
阿米巴虫诗社社员，也曾经为了筹办南杏杂志的，而当掉
机车。1973年陈永兴发起“百达山地服务团”，利用寒暑假深入南台湾的山地乡包括
雾台乡、
大武乡等海拔一千米以上的山地部落，从事服务工作。陈永兴毕业后任职
台北市立疗养院期间，调查全台精神病疗养院，揭发岛内精神医疗的重大缺失与不足，竭力推动精神卫生立法，争取预算及精神病患的人权保障。而且陈永兴也长期撰写文章与支援民主运动，并且支援台湾重要的文艺刊物“
台湾文艺”，1984年获得台美基金会颁发的“社会服务人才成就奖”。1985年陈永兴前往
加利福尼亚州伯克利公共医疗卫生研究所就读，1986年回国。
陈永兴之后出任台湾人权促进会会长，1987年更与郑南榕等人发起“二二八公义和平运动”，挑战
国民政府历史禁忌，
二·二八事件才得以终获平反。1990年陈永兴加入民主进步党，1992年当选民进党不分区“国大代表”；1993年陈永兴获得李登辉提名为第二届“监察委员”，但未能当选；1993年陈永兴代表民进党于
花莲县参选县长，以四万五千票的高票败北。1995年陈永兴于花莲县当选第三届“立法委员”。陈永兴担任“立法委员”期间，对教育改革、
教科书改革以及保存台湾文化、台湾影像都有重大贡献。1998年陈永兴退出民进党，加入“新国家连线”并于花莲县竞选连任，但是落选。之后陈永兴在
谢长廷的邀请下前往
高雄市出任高雄市政府卫生局局长，陈永兴在局长任内曾经因为拒绝关说，而被人殴打。1999年陈永兴获得赖和医疗奉献奖。2004年陈永兴加入“台湾团结联盟”，被列为该党不分区“立委”名单第一名，但由于具有学生身份而被中央选举委员会撤销参选资格。曾为
陈水扁当局台湾当局领导人办公室“国策顾问”，后于2006年8月卸任高雄市立联合医院院长。 2007年9月16日“台湾团结联盟”提名陈永兴为台联不分区“立委”，但未能当选。