藤原原子生年不详，根据《大镜》中记载她死去时（1002年）约22、3岁，逆推可能她可能出生于980年左右。正历4年（993年）2月22日（993年3月17日）与三妹、四妹一同举行了裳着礼（贵族女子成年礼）。

正历6年（995年）1月，入侍当时还是东宫的三条天皇，为尚侍。有宠，为女御。由于居住在淑景舍，故被称为淑景舍女御或内御匣殿。《枕草子》的“淑景舍”一段记载了刚入内不久的原子前来拜访姐姐定子皇后的情景，书中称原子“那始终以扇子遮着面庞的样子委实与众不同，十分标志可人”、“十分可爱，仿佛是画中的公主似的端坐着。”（《枕草子》林文月译本）

入内仅仅三个月后，其父道隆去。其兄伊周、隆家在政斗中败于叔父藤原道长，翌山崎长德2年（996年）又因“长德之变”失势，四年后皇后姐姐定子也崩御了，原子的娘家中关白家开始凋零。

娘家失势后，原子失去了依靠，也未能生下皇子女，就在姐姐定子死去一年、妹妹御匣殿死去数月后，于长保4年（1002年）8月3日死去。《荣华物语》记载，原子的死因是突然吐血后就猝死了，因此当时有传闻称是同样为东宫女御的宣耀殿女御藤原娍子（后为三条天皇皇后）或是她的女房、被称作少纳言的乳母的人下的毒手。

父：藤原道隆（953——995）关白

母：高阶贵子（？——996）又称高内侍、仪同三司（即伊周）母

同母兄弟：

藤原伊周（974——1010）：正二位内大臣

藤原隆家（979——1044）：正二位中纳言、大宰权帅

僧都隆元（980——1015）：又称小松僧都、普贤院僧都

同母姐妹：

藤原定子（980？——1002）：一条天皇中宫，后迁皇后宫

三妹（名不详，生卒年不详）：冷泉天皇皇子敦道亲王妃，后离异

御匣殿（名不详，985？——1002）：一条天皇宫人

夫：三条天皇（976——1017）