每一集的故事内容皆呈现小学生的生活点滴，以学习功夫的过程为发展背景，以幽默风趣的情节与童稚之思维，将小朋友们可爱纯真的本性表达出来。本片透过生动活泼的剧情，栩栩如生的人物描绘，加上天真无邪的童言童语的剧情对白，是一部健康又令人愉快的动画片。
在这个时代，侠客并没消失，功夫依然存在于现代之中，就在离我们不远的地方，有座一二山，一二山之上有一座充满传奇性的功夫学园，专门教授小朋友强身健体的中国功夫（由于学员不多，收入微薄，所以学园设备显得有些破旧），在鲁迪园长的带领下，功夫学园培养出一代代的功夫小子。每年一到桃花开的时节，学园就会招收新的学员进入学园。
这一天，功夫学园要开学了。功夫学园又将迎来了一批菜鸟新生，但这一回可有点不同了。新生娜欧在前往学园的途中，拾到
丘比同学，丘比一直跟着她，甩也甩不掉，她只好也把丘比带到学园，成为学园中最小的学员。由于这群新生是一群不知天高地厚的小小子，却有无比的精力，差一点把功夫学园搞得一团乱，尤其小不点丘比总把学园里的东西都试着拿来尝一尝……。另外，还有急惊风的米可，胆小的玛鲁、爱吃的哈普、哈豆等学员，这些功夫学员的新学员齐聚一堂，于是在他们周遭便发生一连串搞笑的故事发生，鲜事一箩筐。
这群小活宝们来到这里发生一连串搞笑的故事，面对这一群不知天高地厚的小子，鲁迪院长和老师们面对这群顽皮的小活宝们真是苦恼万分。在鲁迪园长的教导下，他们每天必须苦练，接受武功考试，还得面对各种人（妙手空空、虎头山山贼、
暗器门）的挑战，努力保护学园的安全（传说学园中藏有古代海盗所藏的黄金）。