器官发生（organogenesis），又称器官形成，是指脊椎动物个体发育过程中，由器官原基演化为成熟器官的过程。在这个过程中，各种器官经历了形态发生和组织分化，形成了特定的形态并具备相应的生理功能。

器官发生的初始阶段，通过形态发生运动，各个胚层的细胞建立了特定的空间关系，奠定了胚胎的基本格局。脊椎动物各纲胚胎的基本格局大致相同，包括中胚层的脊索、外胚层的神经管、内胚层的原始肠管以及两侧的预定体节和侧部中胚层。外胚层的表皮覆盖整个胚胎。随后，这三个胚层的细胞形成各种器官原基，通过组织分化发育成为成体器官。以鸡的四肢为例，四肢的原基分别为翼芽和腿芽。翼芽最初是一对简单的隆起，由一层薄的表皮覆盖着未分化的中胚层间叶细胞。表皮在芽的顶端形成一条加厚的带，称为顶端表皮嵴。下方的间叶细胞保持未分化状态，称为发展区，从中逐步产生肢体的各个部分。近侧的间叶细胞分区集结，形成前肢各骨骼成分的前身。随着时间推移，肌肉、软骨、硬骨和疏松结缔组织等不同类型细胞在空间上的排列差异，形成了翼和腿各自的特殊格局。

器官发生涉及到三维空间内的多个轴线，包括前后轴、近侧远侧轴和背腹轴。在这些轴线上，空间位置不同的同一类型组织并不等价。例如，鸡胚的翼芽和腿芽在形态上相同，但由于位置不同，具有不同的内在性质。如果将腿芽基部预定形成大腿的组织移植到翼芽的顶端，移植块不会形成翼的一部分，也不会形成异位的大腿组织，而是形成一个足趾。这种现象表明，胚胎的位置信息决定了器官的发展方向。在体外培养中，不同位置的同一类型细胞也会表现出差异。例如，鸡腿的胫、腓骨大小悬殊，但在器官发生初期两者的骨原基大小相同。当分离这两者上的软骨细胞并在体外培养时，发现其生长速率不同，胫骨原基的软骨细胞生长更快。

器官发生不仅依赖于细胞自身的特性，还受到其他细胞群体的影响。细胞之间的相互作用对于器官的形成至关重要。例如，肢芽的上皮最终产生羽毛还是鳞片，取决于其下的中胚层。此外，细胞迁移也是器官发生的重要机制之一。例如，肢体中的肌细胞起源于体节，然后迁移到肢体中。这些迁移的细胞会在适当的部位定居并与骨骼形成相适应的肌肉。