比赛以双循环的方式进行，每支球队通常是在一个赛季或一年内与其他对手进行主客场比赛，计分规则与巴尔干国家杯相同。由于巴尔干俱乐部杯的参赛队伍水平不高，完全无法和巴尔干国家杯相提并论，更不要说赫赫有名的
欧洲三大杯了。1960-1961赛季，罗马尼亚的
布拉索夫队以8战5胜3平积13分的不败成绩夺得了首届巴尔干俱乐部杯的冠军,1961-1962赛季站上最高领奖台的是
希腊的
奥林匹亚科斯足球俱乐部。
1989-1990赛季，巴尔干俱乐部杯因为著名的1989年
罗马尼亚革命而暂时取消，这也是巴尔干俱乐部杯历史上仅有的两次停摆(第一次为1962-1963赛季)之一。1994年，最后一届巴尔干俱乐部杯被
土耳其的萨姆松体育队夺得，此后这项赛事便寿终正寝。
保加利亚的俱乐部总共九次夺得巴尔干俱乐部杯，希腊的俱乐部以六次紧随其后，罗马尼亚、南斯拉夫和土耳其的俱乐部夺冠次数分别为五次、四次和三次，
阿尔巴尼亚的球队仅有一次折桂。