《菌物系统》（原名《真菌学报》），1982年创刊，是中国真菌学领域唯一的学报级专业学术期刊，由中国科学院主管，中科院微生物研究所中国菌物学会主办。

《菌物系统》在全世界三十多个国家和地区发行和交换，主要刊登中国菌物学（包括真菌、粘菌、卵菌、地衣等），在理论上、实践上有创造性、高水平的科研成果及研究论文、研究快报等。主要栏目包括菌物系统分类学及菌物多样性、菌物资源开发利用（食用药用真菌；工业真菌）、真菌生态及生物防治（是生真菌等）、菌物共生作用（内生真菌、菌根、地衣等）、真菌毒素、致病真菌（人、动物、植物）以及菌物学研究的新方法、新技术。