软件专利，是指通过申请专利对软件的设计思想进行保护的一种方式，而非对软件本身进行的保护。软件专利也被称为计算机程序专利，自由资讯基本架构推展协会将其定义为“借由电脑程序以实现任何电脑运作之专利”。然而，软件专利在实践中也容易滋生专门靠专利官司来获得收益的“专利流氓”。

对软件本身的保护由《专利法》和《中华人民共和国著作权法》结合来实现。在多数国家，计算机程序通常不受专利法的保护，而是以著作权法来进行保护。在中国大陆地区，司法实践中曾给予计算机程序以专利保护。美国专利法排除“抽象概念”作为拒绝部分涉及软件的专利申请的依据。《欧洲专利公约》及德国、英国和法国的专利法规定计算机程序不受专利法的保护。

软件的专利保护实际操作上比较麻烦，程序上不像著作权，直接备案登记的。软件专利保护可以在有某个完好的创意时就申请，即使该发明还没有最终成功完成。我国实行先申请制度，谁申请在先，谁就享有该专利权。

理论上，对软件设计思想的保护与对软件本身的保护相比，保护力度要大得多。对软件本身的保护仅是保护了一种具体的编码程序，而对软件设计思想的保护则实现了在此设计思想下所有可能编码形式的打包保护。

在我国，软件专利的起步时间比较晚，2006年之前基本上不批准软件专利，而必须软件与硬件结合后才能申请专利。随着技术的发展，我国的专利审查制度也不断更新，软件的设计思想本身已经被允许单独申请专利。

软件专利的撰写要求比较高，可以写成产品也可以写成方法形式。在突出方案的创造性方面都是难处理的环节，需要具体案件具体分析。可以得到专利保护的软件主要包括工业控制软件、改进计算机内部性能的软件、外部技术数据处理的软件等。

现今，对于软件是否应被授予专利仍存有激烈的辩论。争点包括软件是否可被授予专利，如何区分可被授予专利与不可被授予专利之软件，软件的进步性要件的适用是否过于宽松，以及授予软件专利是否已阻碍创新，而非鼓励创新。