政令指定都市（日语：政令指定都市／せいれいしていとし Seirei shitei toshi），简称“政令市”或“指定都市”，是日本基于《地方自治法》由行政命令指定的城市自治制度。当一个都市人口超过500,000人，并且在经济和工业运作上具有高度重要性时，该都市即被认定为日本的“主要都市”。政令指定都市享有一定程度的自治权，但原则上仍隶属于上级道、府、县的管辖。这些城市在自治权力上拥有较其他市更多的地方自治权力，是日本各城市自治制度中权力下放最多的。

日本政令指定都市是指以地方自治法为基础的大都市制度，是日本中央政府对经济地位重要的大城市的一种管理方式。

截至2012年，日本总共有20座城市被列为政令指定都市，由北到南分别为：札幌（北海道）、仙台市（宫城县）、埼玉市（埼玉县）、千叶市（千叶县）、川崎市（神奈川县）、横滨市（神奈川县）、相模原市（神奈川县）、新潟市（新潟县）、静冈市（静冈县）、滨松市（静冈县）、名古屋市（爱知县）、京都（京都府）、大阪市（大阪府）、堺市（大阪府）、神户（兵库县）、冈山市（冈山县）、广岛市（广岛县）、北九州市（福冈县）、福冈市（福冈县）、熊本市（熊本县）。

而东京辖下的23区则是由东京都厅直接管辖（但并不完全是上下隶属的关系），每一区基本上与市同级。

1956年，日本政府修改《地方自治法》（昭和31年法律第147号）后改设立“政令指定都市”，并在同年9月1日开始实施，原依《五大都市行政监督特例》拥有自治权限的京都、大阪、名古屋市、神户、横滨市等5市成为首批施行对象。

1963年开始，北九州市、札幌、川崎市、福冈市等城市陆续升格列入政令指定都市。

2012年4月1日，熊本县熊本市升格为日本政令指定都市，在九州地区继北九州市（1963年）、福冈市（1972年）之后的第3个、全国第20个政令指定都市。

熊本市成为政令指定都市后，在城市规划、教育政策等方面拥有与县厅同等的自主权。据熊本商工会议所调查，认为“升格为政令指定都市将能有效推动当地经济发展”的占55.6%。熊本市今后在制定产业振兴政策方面能有效地发挥自主权，将有助于推进区域内招商引资和地域产业活性化。熊本市长幸山政史表示，将有效利用九州新干线鹿儿岛市线全线开通和升格为政令指定都市的契机，结合熊本丰富的自然、医疗、教育资源向全世界宣传熊本的品牌。