被覆上皮是按照上皮细胞层数和细胞形状进行分类的。单层上皮由一层细胞组成，所有细胞的基底端都附着于基膜，游离端可伸到上皮表面。复层上皮由多层细胞组成，最深层的细胞附着于基膜上。上皮又根据细胞的形状( 单层上皮)或浅层细胞的形状(复层上皮)进一步分类。将细胞的层数和细胞形状两个因素结合在一起。

根据细胞层数和形状的不同分为单层上皮和复层上皮，又各再分为扁、平、立方、柱状上皮等。无脊椎动物的体表上皮通常是单层的。高等动物的体表上皮通常是复层的，上面的见尾细胞都角质化，经常脱落，由基底层的细胞增生加以补充。上皮细胞又由于适应不同的机能，有的细胞表面形成纤毛（如呼吸道的纤毛上皮），有的细胞有微绒毛（如肾近曲小管上皮刷状缘、小肠柱状上皮纹状缘）等。

被覆上皮分为单层被覆上皮和复层被覆上皮。单层被覆上皮又分为单层扁平上皮、单层立方上皮、单层柱状上皮和假复层纤毛柱状上皮；复层被覆上皮又分为复层扁平上皮、复层柱状上皮和变移上皮。