2008年1月，孔令轩进入
山东鲁能乒乓球俱乐部。2009年，他获得全国优秀苗子集训总成绩第一。2011年，孔令轩夺得全国少年团体比赛冠军。2012年初在全国优秀青少年乒乓球运动员集训比赛中获得综合总分第一名。2012年2月，孔令轩进入国家二队，2013年在国家队队内竞争交流赛中以总成绩第三名的身份进入到国家一队。2013年
世界青少年乒乓球锦标赛，孔令轩获得男团、男双和混双三项冠军。2016年，孔令轩获得乒乓球全国锦标赛团体亚军。2019年7月，孔令轩在30届
世界大学生夏季运动会上收获男团冠军以及男双亚军。
孔令轩六岁开始打球，是一名左手横握球拍、弧圈球结合快攻型选手。2005年进入鲁能青岛训练基地，2008年一月份进入
山东鲁能乒乓球俱乐部。
2014年，孔令轩代表天津豪安俱乐部出战乒超联赛，主场对阵八一大商俱乐部，在第五盘决胜盘中，战胜世界冠军
王皓，最终赢得比赛。
2016年9月23日，在乒乓球全国锦标赛团体决赛当中，代表山东队出场的孔令轩在男团决赛当中连输两场，特别是决胜盘输给
赵子豪，最终山东队收获亚军。
2012年2月，孔令轩进入到国家二队。2013年，孔令轩参加了国家男子乒乓球队队内升降级竞争赛。为了加强队内公平竞争，本次比赛共有12名国家队选手参赛，国家一队的后六名队员和国家二队的前六名队员进行升降级的竞争赛。年仅16岁的孔令轩在比赛中获得第三名，进入到国家一队。
2013年12月，在乒乓球世青赛男团决赛中，孔令轩在决胜盘中以3-0(11-9、11-4、13-11)击败
村松雄斗，中国队最终以3-2逆转日本队，卫冕男团
金牌。此外，孔令轩还获得男双和混双冠军。
在2014年11月份的国家队一二级升降级比赛中，孔令轩面临了人生当中或许是最大的一次考验。本次比赛，孔令轩只打了三场就因伤退出，最后只能排名第17遗憾降组，这时的
樊振东已是最年轻的世界冠军，而孔令轩却又回到了原点。对这次受伤并没有明确报道，但据消息，孔令轩之前就因受伤膝盖做了大手术，
半月板被摘除。半月板位于膝盖处，对运动员来说尤其重要。
2019年7月7日，在
意大利那不勒斯举行的
第30届世界大学生夏季运动会乒乓球男子团体赛决赛中，孔令轩所在的中国队以总比分3比0战胜中国台北队，获得冠军。7月10日，乒乓球男双决赛中，孔令轩搭档
朱霖峰不敌
于子洋/
赵子豪，获得亚军。
孔令轩综合素质非常高，上进心比较强，在平时的训练中自我要求也非常高，文化素养和团队意识都表现非常突出。他在球队中一直都有很好的表现，在国家二队的集训和生活中表现也非常好，成绩一直处于前列。他的技术特点比较鲜明，身体素质好，力量比较大，正手的杀伤力非常突出，在比赛中敢打敢拼。除此之外，孔令轩还善于求教，有不懂的问题会主动向教练请教，这对于他的成长非常有利，近几年的进步速度非常快。孔令轩是一名不错的队员，他的前途还是非常光明的，希望他能再接再厉，上升到新的台阶。（鲁能乒乓球俱乐部副总教练、领队谷青成 评）
孔令轩很爱学习，没事喜欢看关于历史和国学方面的书籍，同时还坚持学习英语。据悉，有一次出国比赛，翻译没在身边，他就主动担起了翻译的工作。“其实就是问问路，到机场询问转机等事情，也没有特别深的，反正就是把我一个人扔在国外，应该丢不了。”孔令轩说，多学一些东西总不是坏事。至于国学，他说自己是
孔子的传人，虽然不是直系，但是有家谱的，所以老祖宗的东西绝对不能丢。关于好学这一点，他说是姥爷对他的影响。“我姥爷是教师，对我的影响特别大。从小他不仅教我学习文化知识，更教我要活得丰富些，不要成为光知道学习的书呆子。”唱歌、
钢琴，孔令轩都很喜欢，虽然钢琴没机会正式学，但是他的歌唱得相当不错，他说最喜欢唱
张学友和
陶喆的歌。