基因连锁分析是一种用于确定基因位置的技术，它基于基因在染色体上呈直线排列且彼此连锁的原理。这种技术利用配子在减数分裂过程中发生的交换来检测基因间的重组率，从而推断基因的位置。随着重组脱氧核糖核酸技术和分子克隆技术的发展，发现了许多可用于定位的遗传标记，使得基因连锁分析成为了人类基因定位的一种重要手段。

1、具有两个以上遗传标记（所谓遗传标记，可以是形状、基因、位点、SSLP、SNP等等）2、连锁基础——二标记位于同一条染色体（或基因组DNA链/环）上；

2、单倍体基因组的前提：基因组可以与其他基因组交换（细菌可以转化、转导、接合，噬菌体不知道了）

3、有减数分裂过程的：要么传代周期短，要么细胞可培养，要么有家系遗传数据；（另有辐射作图法，暂不计入）

细胞器基因组（线、叶基因组）是符合条件的，唯一的问题就是基因组太小，遗传标记的分辨率太高，不过线粒体有16kb，应该是可以容下多个遗传标记了，所以结论就是可以进行连锁分析。

染色体上两个位点从亲代传给子代时，若相距1cM，就有1%的重组机会。整个人类基因组含3.2×109bp，相应约有3300cM，每个染色体平均约有150cM，1cM约为1000kb。

因此，一个致病基因和标记位点紧密连锁，二者不须在同一条染色体的同一区段，一条染色体可以产生大量的脱氧核糖核酸多态，只要提供足够的家系，按格雷戈尔·孟德尔方式遗传的疾病都可将其基因定位。

尽管连锁分析在实际研究中已经证实可靠有效，但在对于复杂疾病的研究中，却存在很大的局限性。首先，连锁分析更适用于单基因疾病的遗传研究，而在目前已知的疾病当中，复杂疾病占了绝大多数。

其次，连锁分析对于致病性高、数量少的遗传变异具有较好的适用性，但对于中效甚至弱效的突变则显得力不从心。

最后，通过连锁分析在染色体上的定位通常是cM级别，也就是百万个核苷酸碱基对，这其中包含的成百上千的基因，要精细定位出突变位点仍有很长的路要走。因此对于复杂疾病，连锁分析只能提供部分参考性意见。

中文名称：连锁分析

溴化铒：linkage analysis

定义：研究某一基因与其他基因连锁关系的方法。

应用学科：遗传学（一级学科）；经典遗传学（二级学科）