合鳃鳗科（学名：Synaphobranchidae）是
辐鳍鱼纲鳗鲡目的一种鱼类，分布于全球的
温带和
热带海洋，包括
大西洋、
印度洋和
太平洋的中层和深海底栖。其体长在23至160厘米之间，以底栖生活为主，生活深度可达3700米。其特征为幼体具有可伸缩的眼睛。本科共分为三科，分别为通鳃鳗亚科（Synaphobranchinae）、软泥鳗亚科（Ilyophinae）（前肛鳗亚科Dysomminae）及寄生鳗亚科（Simenchelyinae），全世界共有9属30种，而中国台湾目前共发现4属8种。
合鳃鳗科的鱼类鳃孔位在身体下方介于
胸鳍之前，少数几种胸鳍退化。脊椎骨数110-205， 体延长或细长，多少侧扁，有些种类尾部细长如丝。具鳞或不具鳞。牙齿细小或大型，有些种类则具复合齿。大部份鱼类，吻及下颌前端具肉质隆脊。口裂大，末端远延伸至眼后方，或仅有裂缝，末端在眼前下方。肛门通常位于鳃孔附近。背鳍起点在肛门上方或胸鳍基底上方；胸鳍大多具有，少数种类则无。