海军上校是一些国家军队中校级军官的军衔称号，通常是团级单位的指挥官或高层指挥机构的参谋。在海军中，上校可能担任最大舰艇的舰长，或者是海军航空兵部队、陆岸部队的指挥官。海军上校的军阶等同于陆军上校或空军上校。在北约军阶代码中，海军上校对应的是OF-5，而美国则使用代码O-6表示此等级的军阶。世界各国的军衔体系中，上校通常是校官中的最高一级衔称，除设有大校的少数国家外。中国人民解放军上校军衔为副师职（正旅职）军官和正团职（副旅职）军官的主要军衔。

海军上校在海军中的职责不仅限于担任舰艇的舰长，还可能是负责指挥海军航空兵部队、陆岸部队或在高层指挥机构中担任参谋。在英语国家，海军上校的军衔与舰长的职务名称使用相同的单词“Captain”，但实际军阶可能不同。若一名海军上校登上其他舰长指挥的舰艇，应按其军阶和名称进行称呼，以避免与该舰的主官混淆。海军上校的军衔不应与陆军、空军或海军陆战队的上尉混淆，后者在北大西洋公约组织代码中为OF-2。

在英语使用国家中，海军上校的军衔与舰长的职务名称使用相同的单词“Captain”。任何一艘船的主官都会被称为“舰长”，无论其实际军阶是否为上校。军阶低于上校的军官（如中校）通常会使用不同的职称“Commanding Officer”（指挥官）。在礼仪上，若海军上校登上其他舰长指挥的舰艇，应按其军阶和名称（例如“史密斯上校”）进行称呼，而不是“舰长”，以避免混淆。

世界范围内的海军上校军衔有多种不同的称呼，例如英语圈国家的“Captain”，法国、阿根廷、西班牙的“Capitaine de vaisseau”，葡萄牙的“Captain of sea and war”，德国、荷兰的“Kapitän zur See”，俄罗斯的“Капитан 1-го ранга”（Captain 1st rank），以及日本海上自卫队的“一等海佐”。在中国人民解放军海军中，海军上校的英文翻译为“Commander”。其他国家如加拿大、美国、埃及、以色列、希腊、波兰、阿根廷、西班牙、德国、荷兰、法国、俄罗斯、伊朗、乌克兰、越南、朝鲜和韩国等都有各自独特的海军上校军衔和阶级章。