衣原体门（学名：Chlamydiae）是一门专性寄生菌，其生长完全在其它生物的细胞内进行。衣原体门细菌比一般细菌小，有的比病毒小。衣原体门被归类为革兰氏阴性菌，具有类似于其他革兰氏阴性菌的外膜和内膜。衣原体门的细胞壁中确实存在肽聚糖，并已成功辨认出几种蛋白质。衣原体门包括肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、沙眼衣原体和牛衣原体等四种。衣原体门细菌没有合成高能化合物atp、GTP的能力，必须由宿主细胞提供，因而成为能量寄生物。

衣原体门细菌比一般细菌小，有的比病毒小。

具有类似于其他革兰氏阴性菌的外膜和内膜。衣原体门的细胞壁中确实存在肽聚糖。

衣原体门只包括一个纲（衣原体纲）和一个目（衣原体目），衣原体目包括以下科和属：

衣原体科 Chlamydiaceae

衣原体属 Chlamydia

嗜衣体属 Chlamydophila

副衣原体科 Parachlamydiaceae

副衣原体属 Parachlamydia

新衣原体属 Neochlamydia

芯卡体科 Simkaniaceae

芯卡体属 Simkania

棍衣原体属 Rhabdochlamydia

华诊体科 Waddliaceae

华诊体属 Waddlia