体背毛色，由头顶到臀部及体侧上部呈浅驼色，期间杂有少量黑毛，具灰黑色毛基与浅驼色的毛尖。腹部两侧下部及四肢皆为纯白色，切与背部的深色有明显的分界。耳壳内被白色的短毛，外面之前部为灰色，后部白色。
头骨脑颅圆形，较平滑。颧弓较窄，鼻骨前部无明显扩大。听泡小而低平，前内角向前，伸成管状，一直伸到翼骨突起的下方。
荒漠毛跖鼠是危害固沙植物的主要害鼠。它们喜栖息于
荒漠或半
荒漠草原地区的沙丘地带。在农田中也有它们活动。洞穴浅，构造简单，常建造于沙丘的斜坡及沙埂灌丛下，鼠进洞后常将洞口用土堵塞，洞口不甚明显。洞道很少分支，一般洞深50-100厘米，末端为巢室。