国家植物博物馆项目位于云南省昆明市盘龙区茨坝片区，是集“馆、库、园”一体，是把传统博物馆的展陈与活植物的收集、展示与研究、传统文化和大健康产业相结合的综合性大型植物博物馆项目，项目初步确定范围达约10平方公里。

云南素有“植物王国”“天然花园”“香料之乡”等美誉，因得天独厚的立体自然环境，集中了从热带、亚热带至温带甚至寒带的所有植物品种。昆明是一座高原风光之城、人文荟萃之城、民族风情之城、边疆风貌之城、物产富饶之城，是享誉世界的“昆明市”“花都”。全市有野生植物1200余种、花卉460余种，花卉产值连续20年保持全国第一，中药材种植达到13万亩以上，天然药物资源品种数量居全国第一，为开展科学研究、发展健康产业、打造绿色经济提供了有利条件。

2017年，国家有关部委同意在昆明建设国家植物博物馆和大健康产业示范区。

2019年10月08日，云南省人民政府、中国科学院、昆明市人民政府合作共建国家植物博物馆签约仪式在昆明举行。

签约仪式前，程连元、董华会见了张亚平一行，就完善三方统筹协调机制、优化国家植物博物馆建设总体方案、提升展陈水平、建成后运维模式，把国家植物博物馆建设成为国际一流、国内顶尖的大型专题博物馆，充分展示我国和云南省丰富的生物多样性资源及生物多样性保护成就进行了协商交流。