1993年3月12日，中国政府部署建设国家公用经济信息通信网，即“金桥工程”。1994年1月12日，吉通公司由原电子工业部发起成立，由电子工业部系统的一些大型国有企业参股组建，包括彩虹
集团公司、中国电子信息产业集团公司、国投电子公司等30多个股东单位。公司主要负责“中国金桥信息网”的建设、运营和管理，并涉及“金关”和“金卡”两个工程的运营，这三者被合称为“
三金工程”。
1996年9月6日，吉通开始向社会公众提供国际互联网通信服务。1999年4月23日，中国政府批准吉通进行IP电话运营实验，5月17日，吉通正式在国内12个城市进行IP电话实验运营。2000年3月24日，吉通获准在全国范围运营IP电话业务，并在同日改制重组为“吉通网络通信股份有限公司”。
自诞生伊始，吉通就一直面临财务亏损的困境。由于政策上的支持较少，以及主要经营的数据业务和宽带业务在20世纪90年代的中国互联网并不发达的市场环境中，吉通的市场拓展受到阻碍。进入21世纪，吉通的一系列失败的融资计划，使得公司的处境更加困难。
2002年5月16日，吉通与南方二十一省
小网通公司和北方十省电信控股公司合并，成为南网通北电信新的控股公司。2003年6月11日，
中国网通集团宣布吉通公司不复存在，其人员和业务并入网通和电信的分支机构。根据网通集团对吉通财务状况的审计调查显示，截止到2002年底，吉通资产总计17亿多元，负债累计28亿元，实际处于破产状态。