福建农林大学植物保护学院是1940年成立的公立大学，现任院长是魏太云。

福建农林大学植物保护学院历史悠久。1940年6月在福建省立农学院农业生物系创建植物病虫害组，同年9月成立植物病虫害系；1958年更名为植物保护学系；2001年建立植物保护学院，现已发展成集本科、研究生（博士、硕士）培养与植物病虫害研究为一体的学术机构。

学院现设有：

4个系（本科专业）：植物保护、制药工程、生物安全（于2012年取消）,农林生物类创新班。

1个一级学科博（硕）士学位点：植物保护学。

1个博士后科研流动站：植物保护学。

8个二级学科博（硕）士学位点：农业昆虫与害虫防治、植物病理学、农药学、生物防治、植物检疫、生态安全、植保经济、经济昆虫。

经过近70多年的努力，在教学与科研平台建设方面取得了显著成绩，现拥有：

3个研究所：植物病毒研究所、作物病虫生物防治研究所、应用生态研究所。

2个研究中心：福建植物病毒工程研究中心、福建食品生物安全研究中心。

1个研究室：益虫及引进研究室。

4个省部级重点实验室：生物农药与化学生物学教育部重点实验室、福建省植物病毒学重点实验室、福建省病毒工程与病原生物学重点实验室、福建省昆虫生态公共实验室。

“植物病理学”为国家重点学科和农业部重点学科，“植物病理学与昆虫学”为福建省“211工程”重点建设学科，“植物病理学”、“农业昆虫与害虫防治”和“农药学”为福建省高等学校重点学科。

主办2个学术刊物：《华东昆虫学报》、《武夷科学》。

学院在农作物病虫害防治、植物病毒、植物病理、生物农药、昆虫分类、生物防治、昆虫生态、有害生物综合治理等研究领域优势明显，科研综合实力突出。注重新兴学科的交叉与拓展，积极推进高新技术和应用技术的研究，在分子生物学技术、遗传工程技术、系统分析技术、农作物病虫害防治技术、环境评价和污染治理技术等方面取得了显著成果。