内蒙古自治区总工会，设有14个部门、5个驻会产业工会、6个事业单位，在职干部职工175人。

自治区中华全国总工会1949年初开始筹建，1955年7月召开第一次代表大会，2014年召开了第十次代表大会。全区现有地级市总工会9个、盟工会3个、旗县(市区)工会103个；有3个不驻会产业工会和自治区直属机关工会工委。全区共有基层工会7.1万个，专职工会干部1.8万人，兼职工会干部14.5万人，工会会员587.2万人。

2021年6月，内蒙古自治区总工会机关党委被评为内蒙古自治区脱贫攻坚先进集体。