马军出生于一个音乐世家，父母均为国家院团的
民俗音乐演奏员。他在清华大学美术学院接受教育，但并未继续从事设计专业，而是转向音乐领域。1988年，他考入中央工艺美术学院装潢设计系。1992年毕业后，马军与同学组建乐队，担任吉他手。1998年，他与同学共同创建了北京“寒塘音乐工作室”，专注于
音乐创作和录音制作。同年，他完成了个人首张专辑《逆光、穿行》。在1998年至2000年间，马军参与了
窦唯和
译乐队第二张专辑《诱惑》的录制，以及电视剧《
大明宫词》的音乐和主题歌制作。他还为
张楚、鲍家街四十三号、子曰等乐队录制了单曲。此后，马军开始涉足影视剧本创作，并导演了多部电影作品。