港内水域狭长，两江会合处宽约4000米，航道宽600～1000米，金牌门最窄处仅350米，面积34平方公里。水深一般3米以上，锚地及航道水深多在7米以上，有
大屿、
中沙群岛、内拦江沙三处水深3米左右的浅滩，6000吨以上舰船须候潮进出。
罗星塔、
亭江镇、琯头、壶江锚地可泊1万吨级舰船，营前锚地可泊5000吨级舰船。罗星塔码头有1万吨级和5000吨级泊位各2个，其余各处码头泊位在2000吨级以下。
马尾镇附近群山拥抱，沿江而下，两岸峰峦夹峙，有
闽安、琯头、长门、五虎为锁钥；
闽江口有琅岐、粗芦、川石等岛屿为屏障，地势险要，交通方便，陆路有专线铁路与外(洋)福(州)线连接，通往全国各地，两岸有公路与104、
福州—昆明公路公路衔接；水路海轮可达世界各港口，百吨汽轮常年可通往
南平市。
马尾港为
福州市门户，古代从海上进攻福州均由此溯江而上直抵城下，历来为
兵家防守要地。民国时期以马尾为军港，先后设闽口要港司令部、马尾要港司令部，下辖闽口要塞各炮台、鱼雷台，常驻舰艇和陆战队。中华人民共和国成立后作为
商港和驻闽海军的锚地，驻有
护卫艇部队。