《中国中医基础医学杂志》1995年创刊，是由国家中医药管理局主管，中国中医科学院中医基础理论研究所主办，以集中、快速反映我国中医基础理论研究最新成果、最新进展为特色的全国唯一一家中医理论研究期刊。

杂志依托中国中医科学（研究）院和中医基础理论研究所雄厚的专业人才队伍，在导向中医基础理论研究，坚守中医理论阵地方面发挥了重要作用，成为中医理论研究、教学、科研、临床工作者认真关注的理论性研究期刊。对我国中医基础理论研究受重视程度的提高和研究队伍的扩大，起到了积极的促进作用。

2011年版中文核心期刊，是中文核心期刊·中国医学类核心期刊，中国学术期刊数据库全文检索期刊，中国科学引文数据库扩展库期刊，中国生物学文摘和文献数据库期刊。2014年收录为“中国科技核心期刊”（中国科技论文统计源期刊）。

1995年，《中国中医基础医学杂志》创刊、季刊。

1996年，《中国中医基础医学杂志》刊期由季刊改为双月刊。

1998年，《中国中医基础医学杂志》刊期由双月刊改为月刊，并开始在中国国内外公开出版发行。

2014年12月，《中国中医基础医学杂志》成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《中国中医基础医学杂志》设有专家论坛、理论探讨、实验研究、临床基础、历代医家学术思想研究、基层园地、针刺研究、文献整理、中医多学科研究等栏目。

《中国中医基础医学杂志》主要报道国家自然科学基金、卫计委科研基金、国家中医药管理局科研基金、中国国内各省市区及单位的科研基金项目文章，重点发表具有创新思想的学术论文等内容。

据2021年第06期期刊内页显示，《中国中医基础医学杂志》编辑部拥有责任编辑1人、英文编辑1人。

据2021年7月24日中国知网显示，《中国中医基础医学杂志》出版文献共13121篇。

据2021年7月24日万方数据知识服务平台显示，《中国中医基础医学杂志》基金论文量为4965篇、载文量为10573篇。

据2021年7月24日中国知网显示，《中国中医基础医学杂志》总被引136616次、总被下载3198078次，（2020版）复合影响因子为1.055、（2020版）综合影响因子为0.749。

据2021年7月24日万方数据知识服务平台显示，《中国中医基础医学杂志》被引量为118960次，据2018年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《中国中医基础医学杂志》影响因子为0.92。

《中国中医基础医学杂志》被中国知网、维普资讯网、万方数据库、JST日本科学技术振兴机构数据库（日）（2018）、CA化学文摘（美）（2020）等机构收录，是中国医学类核心期刊、中国科学引文数据库核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国生物学文摘和文献数据库期刊、中国学术期刊数据库全文检索期刊、CSCD中国科学引文数据库来源期刊（2019-2020年度）（扩展版）、北京大学《核心期刊目录》来源期刊：2004年版、2008年版、2011年版、2014年版、2017年版、2020年版。

《中国中医基础医学杂志》曾被评为Caj-cd规范获奖期刊。

坚持立足中医基础理论，兼顾临床基础研究，理论研究与实验研究相结合，基础研究与应用研究相结合的办刊方向。

突出中医药学特色，坚持科学性、学术性、先进性。面向全中国，兼顾国外（中国之外）。立足中医基础医学，兼顾临床基础研究；理论研究与实验研究相结合；基础研究与应用研究相结合；振兴中医基础医学研究，促进中医药科学的进步。

1、投稿应当具有科学性、创新性，论点明确，文字精炼，层次清楚，数据准确，书写工整且规范，对研究性论文要求统计学处理。一般文稿字数要求4000字以上。

2、专家论坛稿件，要求作者必须是国家级有突出贡献的专家、博士生导师、硕士生导师，具有副高级职称以及在某些新兴领域有创见的中青年专家。并且是结合自己的研究领域，提出的有创新见解的文章。

3、理论探讨稿件，要求针对该刊的发表特点，针对该刊鼓励发表的优先研究领域，所提出的有创新见解的文章。

4、方法论稿件，要求是针对某一学科、每一专业方向的专业研究方法文章。

5、实验研究论文稿件，要求以各级各类科研基金论文为主，重点是能用新的实验方法去创新、证明中医理论，或探讨中西医均未认识的实验论文。

6、临床基础稿件，要求是临床基础方面的论文，包括某疾病中医病因学调查，证候的临床调研，符合科研设计的临床基础研究和特殊病例的临床分析等。

7、针灸研究类稿件，主要发表针灸的实验研究、临床治疗疾病的机理研究文章；经络研究类稿件，主要发表各级各类科研基金项目文章。

8、此外该刊另设有方药研究、中医多学科研究、临证验案等栏目。