亚姆利扎会战后，第十三舰队接收了战败的第二、第十舰队，留在了伊谢尔伦要塞，并改名为伊谢尔伦要塞驻留舰队。
杨威利被先寇布等人解救出海尼森之后，与梅尔卡兹的舰队会合。杨威利遇刺之后杨舰队改名为伊谢尔伦共和政府军。
宇宙历796年，由
亚斯提会战中残存的同盟军第四、第六舰队的剩余舰艇编成第十三舰队，交由杨威利指挥，用来夺取伊谢尔伦要塞。因为部队数量少，并且没有士气低落，缺乏训练，被认为没有可能获得成功。但是在
杨威利的奇计之下，不流血的夺取了伊谢尔伦要塞。此后舰队便驻留伊谢尔伦要塞。同盟军远征帝国时，第十三舰队随同出动，并且在亚姆利扎会战中取得成功，击退了
帝国军毕典菲尔特的舰队并从包围中成功脱身，是同盟军惨败中唯一获胜的舰队。
亚姆利扎会战后，第十三舰队接收了战败的第二、第十舰队，留在了伊谢尔伦要塞，并改名为伊谢尔伦要塞驻留舰队。在这期间，杨舰队击败了变乱的同盟军第一舰队，攻下了被政变部队占领的首都海尼森；打败了前来进攻伊谢尔伦的秃鹰之城要塞。在
乔尔格-汉斯·莱因哈特进攻同盟的战争中，抵挡住了罗严塔尔舰队，并且先后击败了瓦列等三名帝国军上将的强大舰队。在巴米利恩会战中，差一点就击败了
莱因哈特·冯·罗严克拉姆和
若阿尚·缪拉的舰队，只因为同盟政府投降才功亏一。之后，根据《巴拉特和约》，杨舰队被解散，战舰被拆毁。但在这之前，梅尔卡兹按照杨威利的要求，将60艘战舰悄悄带走。
杨威利被先寇布等人解救出海尼森之后，与梅尔卡兹的舰队会合。这支部队因为已经不属于同盟，故此自称为"杨非正规部队"。
乔尔格-汉斯·莱因哈特再次入侵时，杨舰队又得到了一些没有来得及拆毁的战舰和从战场逃出的其它同盟军舰艇作为补充。此时达到了两万艘的最强状态，并作为新成立的艾尔·法西尔革命政府军的一部分。在伊谢尔伦回廊战役中，杨舰队击败了法轮海特、舒坦梅兹、
毕典菲尔特的舰队，并且差点打死米达麦亚。但舰队的指挥费雪阵亡。之后帝国与
杨威利停战。杨威利在去谈判的路上被刺杀。