囊泡藻界（Chromalveolata）是由汤玛斯·卡弗利尔-史密斯于1981年首次提出的真核生物分类单元，属于真核生物中的六大演化支之一。尽管在2005年的分类中被视为真核生物域的一个重要组成部分，但囊泡藻界作为一个独立的界级单位并未得到广泛认可。囊泡藻界代表的是由一次涉及红色藻类和双鞭毛生物的二次内共生事件所产生的所有后代物种。然而，最新的研究显示囊泡藻界并非单一的进化群体，而是包含多个不同来源的生物种类。

囊泡藻界的成员在过去曾被认为属于植物界，这是因为它们拥有细胞壁且能够进行光合作用，有些甚至在外形上与陆生植物相似。随着五界分类法的普及，多数囊泡藻类生物被划归为原生生物界，而水霉和网粘菌则被归入真菌界。2005年，囊泡藻界被提升为真核生物的六个界之一，尽管这一级别未获得官方确认。囊泡藻界包含了四个主要的分类群：

(Heterokontophyta)

(Haptophyta)

(Cryptophyta)

(Alveolata)

此外，囊泡藻界还包括其他一些类群，如纤毛虫和水霉，其中一些已失去了光合作用的能力。大部分囊泡藻界生物都是自养型，利用叶绿素a和c进行光合作用，许多种群还会使用辅助色素。它们共享一种名为甘油醛-3-磷酸脱氢酶的蛋白质。

囊泡藻界的单系性受到了广泛的质疑。2005年起，已有研究开始怀疑囊泡藻界的单系性。2006年的一篇评论文章指出，真核生物六界系统的证据并不充分。截至2012年，学术界逐渐达成共识，将囊泡藻界分为至少两个不同的类别。其中一个类别包括不等鞭毛门和囊泡虫总门，以及有孔虫界，构成了SAR总群；另一个类别则包含了隐藻门和定鞭藻门。最近的研究发现，隐藻门与定鞭藻门之间存在着亲缘关系，隐藻门可能是SAR总群的姊妹群，而定鞭藻门则可能归属于泛植物界。

囊泡藻界内的各个类群缺乏普遍共有的形态特征。每一大类群都有各自独特的特征，如囊泡虫总门的囊泡、定鞭藻门的附着鞭毛、隐藻门的喷射体，以及不等鞭毛门的两条长度不一的鞭毛。然而，这些特征并不是囊泡藻界所有类群所共有的。囊泡藻界唯一共有的特征是它们的色素体有着相同的起源，以及绝大多数细胞壁中含有纤维素。由于囊泡藻界的多样性，难以概括其共同特征。

囊泡藻界的多种生物对生态系统产生重大影响，既有正面也有负面的作用。例如，腰鞭毛虫门引起的赤潮可能导致鱼类大规模死亡，损害牡蛎养殖业。顶复门的一些成员是成功侵染动物的寄生虫。卵菌纲的水霉会引起严重的植物疾病，其中致病疫霉导致了1845年至1852年间爱尔兰的大饥荒。另一方面，许多囊泡藻界的物种在生态系统中扮演着关键角色。硅藻是全球光合作用的重要贡献者，而褐藻形成的海底森林为海洋生物提供栖息地和食物来源。囊泡藻界也为人类提供了多种产品，如褐藻胶常用于食品增稠剂，冰激凌中常见的成分就是它。硅藻的硅质壳体有多重用途，如制作滤材、牙膏和反光涂料。

囊泡藻界生物也会受到病毒的影响。例如，Emiliania huxleyi这种常见的浮游植物就有一种特定的病毒，可以导致其大量死亡，从而结束其生长季节。