两极虫科（学名：Myxidiidae）是双壳目的一个科，属于刺胞动物门、粘体动物门、粘孢子虫纲。此科的模式属为两极虫属(Myxidium)。本科在我国鱼类上寄生的有3属：两极虫属（Myxidium Butschli，1882）、楚克拉虫属（Zschokkella Auerbach，1910）、弧形虫属（Sphaeromyxa Thelohan，1892）。

孢子纺锤形，有时甚为弯曲，在相对方向具极囊，有时近极端或向中间靠近，亦有单个极囊的（如Coccomyxa）。