山科车站（山科）是一位于日本
京都府京都山科区上野御所之内町，由
西日本旅客铁道（JR西日本）、京都市交通局所共用的
铁路车站。山科车站是JR西日本所属的两条干线、
东海道本线与湖西线的分歧点，也是JR系统与京都市营地下铁（东西线）主要的交会站。山科是JR湖西线名义上的西端起点，站内设有该路线的零公里里程杆，但在实务上行驶于该线上的列车，其实都会继续前进至隔邻的京都车站才折返。2003年（平成15年），山科车站入选近车站百选（第四回）。
除了JR与京都市营地下铁外，在山科车站站前广场上，尚可见到
京阪电气铁道所属的车站、京阪山科车站（京阪山科駅）。京阪山科是连结
平安京与
大津市的
京阪京津线沿线车站之一，由于只需少许的步行即能往返于JR与京阪所属的站区之间，转车便利。
京都市营地下铁部分设有月台幕门的岛式月台1面2线。地下铁东西线的车站制定了各站的车站颜色，山科站的车站颜色为
紫藤色。
山科车站作为睡城都市化的山科区内唯一的JR车站，往
平安京、大阪方向的通勤通学客众多。
滋贺县内湖西线各站、琵琶湖线各站间的转乘站（尤其高校生）也较多。草津延长运行开始时通过的新快速，之后使用人数增加与方便湖西线转乘琵琶湖线也增停。另外为满足通勤客，特急“遥”、“琵琶湖特快”也停靠此站。地下铁车站方面，山科区内往
京都中心部的通勤通学客，以及JR途经地下铁往京都市中心部分或是地下铁醍醐方向转乘JR的转乘客也较多。尽管山科车站位于京都市内，但京都市营巴士并未在此停靠。取而代之的是京阪巴士构筑由山科区至伏见区的路线网，使得山科站成为京阪巴士的总站之一。
西日本旅客铁道自2007年起，为了减少市内巴士拥挤，开始进行公关促进游客在京都市内移动使用铁路利用，往
南禅寺与平安神宫等
东山地域的观光地建议在山科站转乘地下铁东西线。如果使用单程票乘搭超过201公里，作为“
平安京市内”此站不需额外付费，而近距离，尤其来自大阪、
神户方向的电车特定区间与特定区间车费对象以外，车费比在
京都火车站下车更贵。2018年度，JR西日本车站1日平均上车人次为34,721人，排名JR西日本车站第20位。京都市营地下铁的1日平均上下车人次为44,663人。