南京市胸科医院建于1950年，承担着省、市胸部疾病的医疗、教学、科研任务。是"东南大学医学院教学医院"、"南京肺灌洗中心"、"南京市结核病研究所"。2003年与澳大利亚阿尔弗雷德医院建立友好医院及科研技术合作伙伴关系。

1953年8月，建立100张床位的公费医疗干部疗养院。1954年4月床位增加到200张。

1954年8月撤销公费医疗干部疗养院，建立南京市保健医院，并将直属休养所归并保健院。

1956年3月，成立南京市结核病防治所，隶属于保健医院。

1958年4月15日，保健医院扩建为南京市结核病防治院。

1982年8月27日，改建为南京市胸科医院和南京市结核病防治研究所，编制床位400张，实行两块牌子，一个机构，一套班子。

1988年8月，成立医uan院党委。实行院长负责制，院、科两级负责制。

1994年6月，中国癌症研究基金会南京市胸部肿瘤治疗中心、南京肺灌洗中心、东南大学医学院（现东南大学医学院）教学医院挂牌。同年，中国医药集团有限公司信息学会心功能专业委员会心律失常研究会在院挂牌成立。

2001年7月，结核病的预防和流调任务划归为南京市疾控中心，防痨科工作人员随之调入疾控中心。

2004年10月，医院正式加盟鼓楼医院集团。

2005年12月，鼓医集团心血管病中心在院挂牌。

2008年，医院核定床位由400张增加到500张。

设有胸心外科、呼吸内科、心血管内科、麻醉科、重症医学科、放疗科、中西医结合科、急救中心、内镜中心等临床科室以及药学部、医学影像科、检验科、病理科、心导管室、气管镜室等医技科室；另有胸心外科研究室、胸部肿瘤研究室、中心实验室等。胸心外科、呼吸内科、心血管内科、药学部、检验科、重症医学科为南京市医学重点专科。

职工648人，其中专业技术人员576人。

医院现有医疗设备1030台（件），主要医疗设备有：钴60治疗机、模拟定位机、螺旋CT机、胸腔镜、纵隔镜、DSA、主动脉内球囊反博泵、数字化胸片机、结核分枝杆菌快速培养仪、动态心电图、麻醉机、呼吸机、肺功能机、彩色多普勒诊断仪、全自动系列生化分析仪、血气分析仪、移动式X线机和ICU中央监护设备等。

多次获得省、市科技进步奖，其中作为主要承担单位参与国家"十二五"重大传染病专项基金课题3项，中科院战略性先导智能科技专项1项；国家自然科学基金、省自然科学基金多项；获得实用新型专利10余项，SCI论文70余篇。

医院是南京市"花园式单位"和"花园式医院"，医院多次被南京市政府、江苏省卫生厅、南京市卫生局授予"文明单位"、"文明医院"、"先进基层党组织"等光荣称号。