绝大な政治力を背景に超法规的な活动を行いながらも、その态、目的が谜に包まれた研究机『古痕』。各分野の杰出した人材が集まるその组织の中でも、ひときわ
异彩を放つ研究者がいた。彼の名は津名川宗慈。遗子工学に长け、用アンドロイドの研究を行う彼の知识の深さと鲜烈さは、 まるで『はじめから答えを知っている』かのようであった。
その研究段阶で作り出され、エマ、沙友、透花と名づけられた三人の少女达は、追加された24目の遗伝子ゆえに『エクストラ』と呼ばれていた。表面的にはやかに见えた彼と彼女达の日常は、研究所に侵入してきた正体不明の军事ロボットとの戦いを境に化する。
さまざまな事件を乗り越え、徐々に明らかになっていく计画の全容とそれぞれの真の目的、エクストラに関わる人间たちの悲しい过去。エクストラの兵器としての性能を知り、暗跃を始める军部。独自の正义に基づいて动く、公安のナンバーレスエージェント『荒山鸟人』。津名川にライバル意识を燃やすもう一人のエクストラ开者『高宫エレン』。
交错する人々の思惑の中で深まり行く谜。……『古痕』、『オリジン』、そして『バベル』とは……。行き场のない几多の轧轢がドミノのように加速し、物语はすべてをきみながら终焉へと升りつめていく……。