海南港航控股有限公司，成立于2004年12月28日，是对海口港
集团公司和
海南省海运总部的国有资本权益及
马村港岸线资源的重组。2006年3月13日，公司从海南省政府国有资产监督管理委员会移交给海口市政府国有资产监督管理委员会管理。2018年10月29日，公司再次归属于海南省政府国有资产监督管理委员会管理。2019年11月27日，公司完成股权重组，成为
中远海运的全资子公司。
海南港航控股有限公司是一家综合性经济实体，业务涵盖港口装卸、仓储、水上客运、货运运输、集装箱运输、外轮代理、船舶修理、商业贸易、旅游和房地产开发等多个领域。作为
海南省最大的国有港航控股企业，该公司受到
海南省人民政府国有资产监督管理委员会的监管。
公司下属琼北地区
海口港、新海港、
马村港3个港口，实行统一规划、统一建设、统一经营、统一管理。其中，海口秀英港是海南省的交通枢纽和客货集散中心，在我国沿海港口发展战略中被交通部列为主枢纽港和海南省国际集装箱干线港口，属国家一类开放口岸。新海港和马村港已经国家验收，于2005年6月1日起正式对外开放。
公司现有员工6300多人，港口岸线总长4614米，拥有各类生产性码头泊位33个，客滚船舶21艘（总吨位43799吨）和生产辅助船舶5艘，各类主要生产机械设备共236台，仓库27间共7.39万平方米，堆场12.85万平方米。
公司已开通了
海口市 — 海安、
北海、湛江、深圳、广州车客滚装航线，还开辟了海口至香港、高雄、
志布志市、小仓、广岛的国际集装箱航线；海口至
广州市、
渤海、
湛江市、
泉州市、
天津市、
大连市、
秦皇岛市国内集装箱航线等。
工会、党委工作部、行政办公室、
人力资源部、财务部、法律事务部、审计督察部、生产业务部、安全技术部、工程部、发展规划部等。
2020年7月19日，
海南省企业联合会、海南省企业家协会成立30周年庆暨第十届海南省优秀企业、优秀企业家表彰大会在
海口市举行，海南港航控股有限公司获第十届海南省优秀企业荣誉称号。