主要讲述
方世玉智斗反派，与异形水怪殊死对抗，保卫一方百姓生命安全的故事。影片以民族英雄“
方世玉”这一经典人物形象，在标签化的中国功夫这一基础之上加入生化科幻元素，极具创新。同时，电影将清朝的大时代背景与主角刻画、人物剧情完美结合，通过正邪对决彰显民族气节，更是弘扬中国功夫的博大精深。可以说《方世玉之决战水怪》是一部时尚而又创意十足的东方功夫电影。
李连杰版本的《方世玉》系列电影与
张卫健版本的《少年英雄方世玉》塑造的方世玉与苗翠花的荧幕母子CP家喻户晓。在电影《方世玉之决战水怪》中同样保留延续了这对CP，古灵精怪与调皮率真的性格可谓是勾起了无数人的回忆。二人在影片中相互配合，耍宝逗趣，更是机智地化解了许多尴尬时刻，让人捧腹不已。这对CP的搭档延续经典，成为本片重要的喜剧元素。同时，影片高潮更是
方世玉不畏生死勇救母亲，彰显母子情深。