1999年2月1日，
高雄市政府公告“征求民间参与
高雄都会区大众捷运系统红橘线路网建设案”，
中国钢铁股份有限公司随即邀集其它公司成立“高雄捷运股份有限公司筹备处”，开始筹备投资高雄捷运系统。
2000年5月10日“
高雄捷运股份有限公司筹备处”由高雄市政府成立之甄审委员会评定为最优申请人，经与高雄市政府议约完成后筹组公司，2000年12月28日取得
公司执照，并于2001年1月12日与高雄市政府签订“兴建营运合约”与“开发合约”，1999年10月开始动工兴建，正式启动高雄捷运工程，经过六年多之兴建期，高雄捷运红橘两线于2008年相续通车营运。高雄捷运兴建与营运之特许期间合计为36年，自2001年10月底开工日起算，特许期间至2037年10月底止。
高雄市捷运公司的企业识别标志以高雄的英文名称“Kaohsiung”的首字母“K”为主体，结合双箭头的设计，象征高雄捷运系统的速度感和双向运输效能。标志中的两组圆弧代表营运的圆满与和谐，以及对未来的展望。蓝色的使用则是为了传达科技、理性和速度的概念，旨在给乘客带来快速便捷的乘车体验。该标志于2002年9月经经济部智慧财产局公告注册为商标。
高雄捷运公司的股东包括
中国钢铁股份有限公司、
东南水泥、荣民工程股份有限公司、
远东控股集团、
统一企业中国、
新光控股集团有限公司人寿保险股份有限公司、台新国际
商业银行、
新光保全、
台湾工业银行股份有限公司、
中华开发工业银行股份有限公司、德商西门子股份有限公司、中兴工程顾问股份有限公司、理成营造工程股份有限公司、台湾地区行政机构国家发展基金管理会、联钢营造工程股份有限公司、
中兴电工机械股份有限公司、国泰世华商业银行股份有限公司、高雄银行股份有限公司等。
高雄捷运公司的组织架构包括董事会、董事长、监察人、稽核处、总经理、品质管理审查委员会、职业安全卫生委员会、行车保安委员会、企划副总经理、行政处、公共事务处、采购处、企划处、财会处、开发事业处、法务室、营运副总经理、运务处、维修处、
轻轨处、工安处、资讯室、研发中心。
陈振荣、
江耀宗、
林文渊、
张家祝、
刘三锜、吴济华、郝建生、杨岳昆等人曾担任高雄捷运公司的董事长。
高捷公司的营业项目包括大众捷运系统的自行兴建（BOT）、高雄捷运红线、
高雄捷运橘线以及得标营运的高雄捷运环状轻轨。
自通车以来，
高雄捷运公司平均年亏损约
新台币20亿元，濒临破产。
高雄市政府其后决定BOT合约，并于2013年6月4日获得高雄市议会审议同意，提前接收高雄捷运公司的机电设备，负担每年银行贷款利息2亿多元，并免除高捷营运提拨折旧等年约18亿元支出，并要求股东同时增资15亿。修约后，高捷公司向修约人员发出1万至10万元不等的奖金，引发基层员工及社会不满。