吴铭能在台湾师范大学完成了他的硕士学位学业，时间跨度为1987年9月至1990年7月。随后，他在北京大学古文献研究所深造并获得了博士学位，这段学习经历持续了三年，从1994年9月至1997年7月。毕业后，他曾在多个教育机构担任教职，包括慈济护专共同科专任讲师、抱璞艺术中心艺术专员、中兴大学夜间部共同科兼任讲师以及
元智大学中国语文学系专任讲师。此外，他还曾在中央研究院的历史语言研究所和中国文哲研究所从事研究工作。自2005年9月以来，吴铭能一直在
四川大学历史文化学院担任副教授职务。
吴铭能的主要著作包括《梁启超研究丛稿》《梁启超的古书辩伪学》《数风流人物》《书评写作方法与实践》以及《历史的另一角落－－档案文献与历史研究》。其中，《艺道情：王庆余大师口述传奇的一生》即将出版。
吴铭能在
学术期刊上发表了多篇文章，涉及领域广泛，包括历史、文化和政治等方面的研究。他的文章被收录在《
海峡评论》《
儒藏论坛》《古今论衡》《书目季刊》《国家图书馆馆刊》《
北京大学学报》等多个知名学术期刊中。
吴铭能还积极参与国内外的学术会议，并提交了多篇论文。这些论文探讨了历史研究的方法、台湾的认同危机、
广东省学者的经学研究等问题。
他对其他学者的作品进行了深入的评论和分析，如
沈津的《
顾廷龙年谱》
王泛森的《Fu Ssu-nien: A Life in Chinese History and Politics》沈津的《
翁方纲年谱》等。
除了学术研究，吴铭能还在《国文天地》《
海峡评论》《中国文哲研究通讯》等杂志上发表了关于教育政策、学术
文化遗址考察等方面的评论和报道。