朵甘行都指挥使司是明朝时期的一个行政单位，成立于洪武六年（1373年），最初称为朵甘卫，随后升级为朵甘行都指挥使司。其辖区包括了现今青海省的部分地区。

朵甘行都指挥使司的历史可以追溯到元朝时期，在当时的朵甘思基础上建立。明朝初期，即洪武六年（1373年），设立了朵甘卫，一年后升格为朵甘行都指挥使司。随着行政区划的调整，朵甘行都指挥使司的管辖区域逐渐扩大，涵盖了今天的青海玉树、果洛和黄南州等地。尽管属于羁縻性质，没有派遣常驻官员，但它隶属于西安行都指挥使司，并由陕西都指挥使司管理。大约在正统年间之后，青海海西州东部和海北州北部地区也被纳入了朵甘行都指挥使司的管辖范围内。然而，到了正德年间，朵甘行都指挥使司的辖区开始缩小，最终在明朝末期被废除。

朵甘行都指挥使司在其鼎盛时期，下辖有朵甘思宣慰司、招讨司6个、万户府4个以及千户所17个。这些机构共同构成了当时的地方治理体系。