北京师范大学于1985年创建系统理论专业，开始开展系统科学的学科建设；1990年，学校成为系统理论博士学位授权单位；1998年，建立系统科学博士后流动站；2000年，取得系统科学一级学科博士学位授予权；2001年，系统理论专业被评为国家重点学科；2003年，系统科学成为北京师范大学"十五"211工程重点建设项目学科并进入2005年启动的985工程项目建设；2004年，建立复杂性研究中心，在教育部评估中心组织的一级学科评估中，
北京师范大学系统科学学科名列全国第一；2007年再一次顺利通过了教育部的重点学科评估。2012年1月，系统科学科学在教育部组织的学科评估中，排列全国第二位。