2018年7月，安徽省发布关于进一步加强基础科学研究的实施意见（以下简称《实施意见》）。其中，在2018年底之前，将设立“量子科学实验卫星量子科学基金”、“墨子量子奖”等基金和奖项，激励基础研究取得重大发现与突破。 2019年4月26日，12位中外科学家获得我国首届“墨子量子奖”。

为了激励基础研究取得重大发现与突破，安徽省将鼓励社会各方面出资设立“墨子量子科学基金”、“墨子量子奖”等面向基础研究的科学基金和奖项。按照时间安排，“墨子量子奖”在年底前有望诞生。

《实施意见》明确，将建立完善符合基础研究特点和规律的评价机制，针对不同高校院所、研究类型实行分类评价，探索建立以创新质量和学术贡献为核心的评价机制，完善科技奖励等激励机制，提升科研人员荣誉感。建立鼓励创新、宽容失败的容错机制，鼓励科研人员大胆探索、挑战未知。

今后，安徽省将打造省科技资源共享服务平台，加强基础性、公益性的自然本底数据、种质、标本等科技基础条件资源收集，并建立健全省科研设施与仪器开放共享管理机制和后补助机制，更多科技基础设施、科学数据和仪器设备将向各类创新主体开放。

2019年4月26日，量子科学实验卫星量子科技基金会在中国科学技术大学公布2018年度、2019年度“墨子量子奖”获奖名单，12位中外科学家获得这一荣誉，每位获奖者将获得人民币100万元和一枚黄金奖章。

2018年度的获奖者包括英国牛津大学教授戴维·多伊奇、麻省理工学院教授彼得·绍尔、德国马普量子光学所研究员伊格纳西奥·西拉克、美国俄勒冈大学教授大卫·维因兰德、奥地利茵斯布鲁克大学教授彼得·佐勒和雷纳·布拉特。

2019年度的获奖者包括以色列学者史蒂芬·威斯纳、美国国家科学院院士查尔斯·贝内特、蒙特利尔大学教授吉勒斯·布拉萨德、英国牛津大学阿图尔·埃克特、中国科学技术大学教授潘建伟和奥地利维也纳大学教授安东·塞林格。

2020年12月10日，2020年度“墨子量子奖”正式揭晓，奖项授予量子精密测量领域三位研究人员，分别为新墨西哥大学的卡尔顿·凯夫斯、日本东京大学的香取秀俊以及美国科罗拉多大学博尔德分校的叶军。

2022年3月2日，2021年度“墨子量子奖”获奖者名单揭晓，分别是约翰·克拉克（John Clarke）、米歇尔·德沃雷（Michel H. Devoret）、中村泰信（Yasunobu Nakamura）。