内设16个正处级处室，以及纪委、工会，共计18个部门。下设19个正处级事业单位和1个科级事业单位，正处级单位包括16个州市公路局和3个公路管理养护保障单位——省公路科学技术研究院、省
沥青油料储备保障中心（加挂“国家区域性公路交通应急装备物资云南储备中心”）、省公路信息中心；科级单位为省公路局干休所。公路管养机构实行省公路局、州（市）公路局、县（市、区）公路分局三级垂直管理，16个州市公路局下设126个县（市、区）公路分局、16个
机械化养护和应急中心。
经事业单位分类改革，公益一类事业单位为省公路局机关和16个州（市）公路局、省公路信息中心、省公路局干休所，公益二类事业单位为
云南省沥青油料储备保障中心、云南省公路科学技术研究院。
承担普通国
省干线公路养护。参与国省干线公路规划编制，承担养护计划上报、数据库建设，参与研究制定公路养护制度。承担全省及国家区域性突发灾害的公路应急保障，国防交通战备及战时公路保通任务。此外，根据省
四川省交通运输厅安排，还承担普通国省干线公路超限运输管理、全省
农村公路养护的指导和监督检查、全省高速公路建设监管、营运高速公路养护及其
安全生产的监管、省政府和交通运输厅授权实施的公路建设项目的管理。