1955年5月，从部队复员，9月，以调干生身份考入
复旦大学生物系。1961年毕业，分配至
瑞金市大学任教。1962年，调至赣南医专当教师。“文化大革命”开始后，他不顾个人安危，对这场运动提出反对意见。在妻子
谢聚璋配合下，先后写下了《辱骂不是战斗----驳〈“修养”的要害是背叛无产阶级专政〉》等13篇文章和《致毛泽东信》等14封信，共10余万字。他用大量事实证明，“文化大革命”的路线、方针、政策都是错误的，林彪、江青是名副其实的埋在毛泽东身边的两颗最大的定时炸弹，并对刘少奇的冤狱表示极大愤慨。他指出，这场浩劫一定会得到清算。在当时的历史条件下，陈耀庭敢于坚持真理的行为被定为“677反革命”案件。1967年12月被捕，1970年3月被判处死刑。妻
谢聚璋1968年2月11日被捕，被判处死刑缓期二年执行，1971年7月11日死于劳动农场。1980年10月，中共江西省委为陈耀庭夫妇冤案彻底平反昭雪。11月，国家民政部批准两人为革命烈士。