柄锈菌科（学名：Pucciniaceae）是柄锈菌目下的一个科，主要寄生在种子植物和蕨类植物上，产生锈色的锈孢子和夏孢子。有的是多年生和异种寄生。该科包含约五千种菌类，其中主要是麦、梨等农作物的病源，因此在农业上具有重要意义。

柄锈菌科的菌丝内无合体细胞，多具有吸器。

生活史中有产生五种孢子的时期，但是，一种菌在其生活史中不一定形成所有的五种孢子。有的欠缺1-2种（长世代型）；有的仅以冬孢子重复其生活史（短世代型）。

阿撒尔（J．C．Arthur）用0，Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ，Ⅳ的符号表示各孢子的时期。0表示产生性孢子器的性孢子期；Ⅰ为形成锈孢子器的锈孢子期；Ⅱ为形成夏孢子器的夏孢子期。夏孢子要附在其他寄主上发芽，并可再次产生Ⅱ的菌丝，再就是也可变成Ⅲ的菌丝，但也有产生比普通夏孢子厚、且有褐色外壁的休眠夏孢子的情况时可将符号记作Ⅱx或X。Ⅲ为冬孢子器的冬孢子期；Ⅳ则是产生担子并形成担孢子的担子期。

进行异种寄生的，在其生活史上0和Ⅰ附于一种寄主；Ⅱ和Ⅲ或是只是Ⅲ附于其他寄主上。只有Ⅲ为不完全型，但并不归入半知菌纲而被归入柄锈菌科。经二种以上寄主的，其例有小麦赤锈病的中间寄主唐松草属（Thalictrum）、梨胶锈菌属的中间寄主的桧属（Juniperus）等。

本科包括以下属：