核工业第六研究所是中原地区以矿开采为主的多专业综合性科学技术研究机构。始建于1962年,当时称南昌矿业研究所(简称南昌所)。

1962年，为适应铀矿山地质研究、采矿研究、化学分析以及放射性仪器研制等需要，中共二机部党组与中国共产党江西省委员会商定在江西矿务局研究所的基础上组建“南昌矿业研究所”，简称南昌所，隶属第二机械工业部十二局。

1966年，第二机械工业部第一设计院的矿山设计部分与南昌所合并，成立二机部第三研究设计院，简称三院。

1969年，三院与二机部第一研究设计院的水冶设计部分合并，成立二机部第四设计研究院，简称四院，由南昌市迁址衡阳市。

1975年，在四院科研室的基础上组建湖南矿山研究所，代号为湖南六所，又称湖南铀矿开采研究所。

1982、1983和1988年，湖南六所先后更名为核工业部铀矿开采研究所、核工业部第六研究所和核工业第六研究所。根据“调整、改革、整顿、提高”的方针，调整了科研结构和发展方向，改革了内部管理体制，推动铀矿开采和核辐射防护研究与开发不断取得丰硕成果。

2002年，中核集团第六研究所并入南华大学，同时，核工业415医院划转为南华大学附属南华医院，在全国率先实现了高等院校与科研院所的合并。