藤县港是以藤县码头为主，其他绣江、蒙江支流的码头泊位为辅。浔江沿岸主要有藤城、蒙江、南安市、赤水码头泊位共4座；蒙江沿岸主要有太平、和平、五屯码头3座；绣江沿岸主要有老鸦塘、金鸡、象棋、窦家码头4座。

藤县港客货吞吐量：1986年客运量21.15万人，货运量2.80万吨，吞吐量6万吨；1988年客运量29.14万人，货运量15.52万吨，吞吐量30万吨；1991年客运量23.90万人，货运量21.30万吨，吞吐量38.31万吨。

水巷口共有生产用混凝土结构泊位2个，1982年藤州糖厂在胜西村新建混凝土码头1个，1986年藤县红砖厂在白沙龙巷新建片石水泥结构码头1个，1988年县交通局在绣江河口新建混凝土结构码头1个。最大靠泊能力500吨。仓库面积300平方米，堆场面积1000平方米，最大起重能力2吨，年综合通过能力32万吨。1994年货物吞吐量为5万吨，其中进口为1万吨，出口为4万吨。

解放前简易码头有冲口、移民、角咀、金和、大昌镇、买鱼巷、大庙、新街口8个，货物靠人力挑运。解放后修造移民、新街口和港务站客运码头，建有可容纳100人左右的候船室，码头线长180米，泊位13个，设有驳艇接送过往旅客和中转物资，其他码头为附近农民集市的民船停靠点。