国家食品药品监督管理总局原副局长
任德权任名誉院长，国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所
蒋华良研究员任首任院长。
学院下设药物科学系、
制药工程系、
上海市化学生物学重点实验室、上海市新药设计重点实验室、制药工程与过程化学教育部工程研究中心、中药现代化工程中心、GMP研究中心以及药学实验教学中心等部门，研究内容涵盖了化学药、农药和制药工程个领域。
学院依托
中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，结合
华东理工大学在
化学工程、制药工程、
生物工程学等领域的传统优势，理工结合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。学院以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药。
学院师资力量雄厚，现有正高35名、副高35名；其中中国工程院院士1名、兼职院士1名、国家973首席科学家2名、
长江学者1名、国家杰出青年基金获得者4名、中组部千人1名、中组部万人2名、国家优秀青年基金获得者3名、科技部中青年科技创新领军人才2名、教育部新世纪优秀人才7名、
上海市领军人才2名、上海市优秀学科（术）带头人4名、上海市东方学者2名、上海市曙光学者7名、上海市青年科技启明星4名、上海市浦江学者18名，校特聘教授7名、校讲座教授6名、博士生导师40名。学院现有专任教师83名，在读本科生840名，硕士研究生464名，博士研究生114名。
学院拥有药学一级学科博士点，
制药工程与技术和农药学二级学科博士点；药学、
中药学、
植物保护一级学科硕士点以及制药工程与技术二级学科硕士点；其中农药学为
上海市市重点学科，药学为上海高校一流学科（B类）。学院拥有药学及植物保护两个博士后科研流动站，设有制药工程工程硕士、
项目管理（药品GMP方向）工程硕士、药学和中药学硕士等专业学位点。
学院拥有制药工程、药物制剂、药学三个本科专业。其中制药工程专业起源于化学制药工学（1953年），是国内最早创办的同类专业；2008年1月入选教育部特色专业；2010年5月入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业；2012年入选教育部专业综合改革试点，同年获批与
上海医药集团股份有限公司共建
国家级工程实践教育中心，并首家通过
制药工程专业国家工程教育专业认证。已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。
学院累计承担着国家自然科学基金、科技部973计划、863计划、卫生部、总后勤部“重大新药创制”科技重大专项等国家和省部级科研项目350余项，近三年年均到款经费3000余万元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.、J. Med. Chem.等本领域国际顶级刊物发表研究论文30余篇，年均发表SCI收录论文100余篇，并已取得了以国家科技进步
二等奖，
上海市自然科学
一等奖为代表的多项科研成果。
学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院自成立以来，已与
多伦多大学药学院、
维尔茨堡大学药学与食品化学研究所、
阿尔斯特大学药学院等建立了合作关系，并与
克兰菲尔德大学等建立了3+1学生交流项目；先后邀请了
新墨西哥大学、
贝尔法斯特女王大学、
京都大学、
明知大学等校的著名学者前来上课，并合作培养学生。负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院于2006年11月获得教育部和
国家外国专家局资助，建设学科创新引智基地（简称“111”计划），为国际合作和科研创新提供了平台。
药学院依托
中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，结合
华东理工大学在
化学工程、
制药工程、
生物工程学等领域的工科优势，理工结合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。争取在不长的时间里，以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药，将药学院建成我国一流药物学家和制药企业家的摇篮！
起步中的药学院，吸引了一批刚从海外归来的中青年药学专家加盟。药学院现有教授29名、副教授24名，其中兼职院士1名、国家973首席科学家2名、
上海市领军人才3名、国家杰出青年获得者4名、教育部跨世纪优秀人才1名、教育部新世纪优秀人才3名、上海市曙光学者4名、上海市浦江学者8名、校特聘教授7名、校讲座教授8名、博士生导师25名。拥有
化学生物技术与工程、药物化学、农药学、
制药工程与技术等博士点；药学、
中药学、
植物保护、化学生物技术与工程、制药工程与技术等硕士点；制药工程、药物制剂、药学等本科专业。其中农药学为上海市重点学科；制药工程本科专业起源于1952年建校时的化学制药工学专业，是国内最早创办的同类专业，教学水平居国内一流，已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家。“制剂工程”课程已被列为国家精品课程。药学院现有在读本科生800名、研究生345名。
药学院承担着国家973计划、国家863计划、国家自然科学基金项目、以及
上海市重大、上海市重点、上海市曙光人才计划、上海市浦江人才计划等科研项目80余项，并已取得了多项科研成果。
药学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院成立来，已与
多伦多大学药学院建立了合作关系，并先后邀请了
新墨西哥大学、
贝尔法斯特女王大学、
京都大学、
明知大学等校的著名学者前来讲学。还负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院还于2006年11月获得教育部和
国家外国专家局资助的学科创新引智基地（简称“111”计划），为国际合作和科研创新提供了新的机遇。