2017年4月份经安徽省编委会研究同意正式成立；6月经原
安徽省卫生厅计划生育委核准为三级综合医院；7月9日正式开诊。
2022年2月25日，安徽医科大学附属阜阳医院正式挂牌“
上海市第一人民医院医疗集团合作医院”和“上海市第一人民医院阜阳骨科诊疗中心”。
医院配有SPECT/CT、
西门子股份公司1.5T磁共振仪、
通用电气64排128层螺旋CT、通用电气数字摄片机（DR）、岛津动态平板数字胃肠机、西门子
乳腺靶机、通用电气DSA、全自动
血细胞分析
流水线、全自动血凝分析仪、尿液分析仪流水线、全自动生化免疫分析仪流水线、全自动干
化学生化免疫分析仪、血气分析仪、全自动酶联
工作站、全自动血液培养仪、全自动细菌鉴定/药敏分析仪、
流式细胞仪、
罗氏制药全自动
核酸提取仪等医疗设施。