巴拿马运河管理局（英文名：Panama Canal Authority，简称：ACP），是负责运营巴拿马运河的组织机构，现任局长是里考特·巴斯克斯。
巴拿马运河管理局设立“绿色连接奖”以及环境
溢价排名，具有环保意识、使用低碳燃料的客户可以获得通过运河的优先配额。运河管理局还通过优化过境手续等措施提升运营效率，并在运河周边开展植树造林和环保教育活动，鼓励当地民众发展可持续农业。
2024年8月15日，巴拿马运河管理局发布公告，当日起运河通行的最大吃水深度提升至50英尺（约合15.24米），从9月1日起，每日船只通行数量拟从35艘增加到36艘。此次调整是在8月5日将通行最大吃水深度提升至49英尺（约合14.94米）的基础上，再次提高通行能力。2023年的严重旱情曾导致运河通行能力多次下调，对全球货物贸易产生负面影响。
巴拿马运河管理局表示，巴拿马运河计划在2030年前实现“
碳中和”，通过植树造林、节能减排等形式抵消排放的
二氧化碳，最终实现零碳排放，这是巴拿马运河的一项
战略承诺。管理局下属的所有船只会进行技术更新并使用非化石燃料，以减少碳排放。此外，运河管理局计划对产生较高碳排放的船舶收取更高“通行费”，以保证通过船只的碳足迹达到“最小”。同时，为保护运河水源及周边生态环境，管理局正制定新措施。
2024年8月，巴拿马运河管理局的数据显示，当前只有45艘船只在排队等待通过，比过去8年的历史平均水平减少50%。前一年8月运河拥堵最严重时，有160多艘船只等待。管理局宣布计划当月的运河每日通行量增加到24艘，此前公告称1月份每日通行量为20艘，2月份为18艘。由于
巴拿马运河降雨情况好转，该措施取代了之前的公告。为应对运河中部
加通湖因干旱状况带来的挑战，限制措施已实施6个多月，大幅削减了其大型船闸的最大吃水，并将每日过境数量减少40%以上。
巴拿马共和国运河管理局局长豪尔赫•路易斯•基哈诺在“巴拿马第十四届海事活动世界大会暨展览会”上宣布，巴拿马运河已加入全球产业联盟（GIA）。该联盟旨在加大公私合作力度，汇集相关领域先驱，提高国际海事中的能源使用效率，减少
温室气体排放量。
巴拿马运河是首个正式加入该联盟的
拉丁美洲组织机构。目前，世界范围内的已有18家海事组织加入全球产业联盟。
2024年12月21日，美国当选总统特朗普社交媒体平台Truth Social发文表示
巴拿马共和国运河对
美国海军和
商船收取“荒谬的费用”，他要求降低收费，否则巴拿马就应将运河归还美方。巴拿马运河管理局宣布，运河在2024财年为巴拿马国库贡献24.7亿美元，连续第二年下滑。
2024年12月22日，巴拿马总统何塞·穆利诺发表讲话驳斥美国当选总统特朗普关于
巴拿马运河的言论，他强调巴拿马运河为巴拿马所有，巴拿马的国家主权和独立自主不容侵犯。穆利诺强调，巴拿马与美国在1977年签订的两个条约明确规定了巴拿马运河的主权归巴拿马所有，美国也在1999年12月31日将运河管辖权完全移交巴拿马。因此，
巴拿马共和国强烈反对否认这一事实的行为。