《少林叛徒》这部电影讲述了多名弟子和少林三十六代、三十七代掌门神秘死亡，
康熙御赐的墨玉香炉被盗，
雍正帝借此命玉格格前往少林逼迫其交出盗宝者。雷鹏飞和柳芝兰查出真凶是圆慧。
该片讲述了
清代雍正年间，少林寺接连发生离奇命案，多名弟子神秘死亡，甚至连少林三十六代和三十七代掌门也相继被害。就连康熙御赐的
墨玉熏炉也被盗走，整个少林寺一时间陷入混乱，人心惶惶。所有疑点都指向了
少林派的俗家弟子雷鹏飞（黄家达饰），雷鹏飞无奈只能暂时逃离少林寺。而此时
墨玉香炉被盗的消息传到外面，
雍正帝（江南饰）得知后不怒反喜，因他早已不满少林在江湖中一家独大，此次刚好借题发挥，命令亲妹妹玉格格（龙君儿）前往少林寺逼迫少林寺交出盗窃宝藏的人，玉格格带人赶到少林后，告知对方限三天之内找回香炉，否则将有严重的后果。现任少林寺掌门圆慧（鲁平饰）只能被迫答应，若是限期内查不出凶手就焚寺自尽。此后少林护法向江湖中人发布武林帖抓捕雷鹏飞，雷鹏飞为洗刷罪名不得不四处奔波，期间与许多接下武林帖想抓捕他的人发生了战斗。后来雷鹏飞在疯癫师祖田智（
张翼饰）和俗家女弟子柳芝兰（上官灵风）的帮助下，查出了幕后真凶就是少林现任掌门圆慧。但事情远未结束，雷鹏飞在巧合中得知掌门圆慧其实是师祖田智培养起来的，师祖因一直被关在后院不受重视，想将圆慧培养成为掌门后名正言顺将自己放出来。但因为后来意见产生了分歧，师祖田智将圆慧灭口。最终雷鹏飞与师祖田智进行了决战，在柳芝兰的帮助下，战胜了师祖。