抓捕行动失败，刑警队副队长周庆东英勇牺牲，尸体不知所终；刑警杨天明（
海一天饰）头部受伤。内勤肖耘（
陈瑾饰）因丈夫被杀，坚决要求调到刑警队一线工作，一心想要抓到凶手。分局的刘局长只好同意，但条件是一旦破案、抓到杀害周庆东的凶手后，肖耘即返回内勤。刑警队长李大曾（李诚儒饰）与周庆东是好战友，与肖耘关系也非常熟络，这让他感觉很难办。不过，李大曾最终还是收下了肖耘。
肖耘初到刑警队时，因紧张而频繁打嗝，但她凭借坚定的意志和执着的精神，逐渐适应了刑警队的生活。在侦破过程中，肖耘展现了出色的洞察力和判断力，多次为案件侦破提供关键线索。
经过几次大案的洗礼，肖耘变得更加成熟和自信，成为刑警队的得力干将。刑警队面临多起复杂案件，包括
拐卖妇女儿童罪、杀人放火等。李大曾带领刑警队成员展开深入调查，通过现场勘查、线索搜集和推理分析等手段，逐步揭露了犯罪分子的真面目。
李大
吕振羽肖耘在共同的工作中建立了深厚的友谊和信任。他们互相支持、互相鼓励，共同面对工作中的困难和挑战。吕菲在目睹了刑警队的工作后，对李大曾产生了更深的理解和敬佩。她不再纠缠于过去的感情纠葛，而是选择默默地支持李大曾的工作。
尽管肖耘曾答应李大曾抓到凶手后就离开刑警队，但此时的刑警队已经成为她的情感寄托和工作战斗的地方。肖耘决定留在刑警队，继续与李大曾和同事们并肩作战，共同维护社会的正义和安宁。
作为系列剧，该剧故事短小引人。而
李诚儒、
陈瑾、
刘金山等著名实力派演员的领衔主演，和
梁静、
海一天、史亮等优秀青年演员的加盟，使《刑警的故事》拥有了其他同题材电视连续剧所没有的强大演员阵容。再加上
英达、
斯琴高娃、
刘佩琦、
丁勇岱、
蔡明、
李丁等中国影视界大腕们的倾力捧场，更让《刑警的故事》集集都是星光灿烂。