《化妆师》的故事背景设定在20世纪初，椎名桔平饰演的化妆师在当时被认为是一个没有前途的职业，但却是艺妓、演员和新娘等女性的最爱。他因为儿时目睹母亲去世时被化妆师画得美丽祥和，从而追随化妆师学艺。在纯朴的小镇开业后，他以善良美好的心情为女性提供化妆服务，并强调真正的美应该发自内心，化妆品只是辅助。他鼓励一个做下女的苦命女孩学习识字，找到人生的方向，同时也帮助一个从小不愿开口说话的小男孩走出封闭的心灵。化妆不仅能让人的外表变得美丽，还能让人打开心扉，向前迈进。
大正时期，以化妆为业的小三马居住在东京下町，这是一个女性意识开始觉醒的时代。有宣扬“女性原是人类的
太阳”观点的杂志发行，女艺人出现，关于女性是否应该工作的争议也甚嚣尘上。小三马师从
式亭三马，继承了师傅的本领并将之推广。他从药草中提炼化妆品，成为当时被称为“首席化妆大师”的人物。尽管业界的竞争者很少能与他的技艺相比，但顾客对他的评价毁誉参半，有人认为他的服务是不可思议的完美享受，也有人认为他过于顽固自信。
小三马的生活围绕着各种女性，包括雍容美貌的艺妓、做生意的老板娘、立志成为女艺人的学生，以及一些与化妆无缘的普通女性。涩田时子因一场大火无家可归，被
和服店老板娘三津森鹤子收养，并在鹤子的影响下进入戏曲世界。时子为了看懂戏文，开始学习文化，并得到了小三马的帮助。青野纯江是天妇罗店长的独生女，对小三马心生爱慕，但小三马对她并不感兴趣。当纯江发现小三马主动帮助时子识字时，不禁感到伤感。小三马在时子身上发现了自己过去的影子，但他不会爱上任何人，这是他的秘密。纯江开始怀疑他的秘密，而小三马的秘密是否会被揭开，成为影片的一个悬念。